La cooperación científica y universitaria franco-chilena se caracteriza por una amplia red de programas y de movilidades universitarias y científicas, así como por diversos mecanismos de apoyo a la investigación entre ambos países.

Los programas de cooperación más importantes entre Francia y Chile son los siguientes:

ECOS-ANID: programa de financiamiento de proyectos de investigación franco-chilenos y de movilidad entre ambos países. Sus objetivos son fortalecer la cooperación científica bilateral, promover la apertura científica de investigadores y jóvenes investigadores en formación, y fomentar la creación de nuevas líneas de investigación. Este programa está dirigido a equipos de investigadores franceses y chilenos comprometidos en un proyecto científico común con una duración de tres años (con una postulación idéntica presentada en ambos países). Todas las disciplinas son elegibles.

PROGRAMAS AMSUD: tres programas regionales de cooperación científica y tecnológica en los que participan Argentina, Bolivia, Brasil, Chile, Colombia, Ecuador, Paraguay, Perú, Uruguay, Venezuela y Francia. Su objetivo es promover y fortalecer la colaboración científica, así como la creación de redes de investigación y desarrollo en los siguientes ámbitos: ciencias y tecnologías de la información y la comunicación (STIC), matemáticas (MATH) y cambio climático y variabilidad climática (CLIMAT).