El Instituto Francés de Chile ha establecido varios convenios de becas con universidades chilenas para financiar estancias cortas de observación en laboratorios de investigación en Francia, dirigidas a estudiantes chilenos/as de nivel de Magíster o Doctorado.

Las universidades asociadas son:

• Universidad Adolfo Ibáñez
• Universidad de Chile
• Universidad de Concepción
• Universidad de La Frontera
• Universidad de Magallanes
• Universidad de Santiago de Chile
• Universidad de Talca
• Universidad de O’Higgins

Además, el Instituto Francés de Chile ha firmado acuerdos de cooperación con instituciones chilenas del sector salud, con el objetivo de financiar estancias cortas de investigación para jóvenes profesionales chilenos/as en distintos campos médicos:

• Corporación Profesional de Alzheimer y otras Demencias (COPRAD): en el área de enfermedades neurodegenerativas.
  
  
• Facultad de Medicina de la Pontificia Universidad Católica de Chile: en los ámbitos de virología, infectología y farmacología clínica.
  
  
• Hospital del Salvador de la Universidad de Chile y COPRAD: en el área de oncología.